原子能系統工程研究所技術服務包含：(1)核子反應器爐心及核子燃料營運分析、(2)原子能設施熱流安全分析與實驗、(3)原子能設施可靠度/安全度評估與數據分析、(4)核子反應器嚴重事故分析；(5)原子能設施技術資訊軟體系統與模擬等核能安全技術、(6)核設施除役相關系統安全評估、(7)電廠系統/組件運轉性能評估及整體熱效率提升優化、(8)國家關鍵基礎設施可靠度評估技術，已拓展至能源基礎設施安全與效能產業應用、(9)其他有關原子能系統工程技術應用之研究與發展。