核子設施及工程技術研究所(工程所)，本所從事核能相關之工程技術與核設施除役技術之研究發展、核能組件設計製作與核能設施運轉維護等工作、廢棄物管理營運技術及廢棄物資訊管理之關鍵能力、用過核子燃料乾式貯存之關鍵技術與驗證，依任務職掌設有行政管理分組、設施工程技術分組、程序工程技術分組、機械設計技術分組、機械製造技術分組、核電除役技術分組、數位資訊應用分組、乾貯技術分組等8個功能分組。