國家原子能科技研究院下設一個研究中心、十個研究所以及五個業務單位，並彙集各類專業人才之頂尖研發團隊，以核安、核後端、核醫製藥與民生輻射應用、新能源與跨領域系統整合等為發展主軸，持續深耕發展。
| 董監事 | |
| 董事長 | 張欣 |
| 董事 | 游振偉、李志鵬、黃佑民、吳秀梅、邱秋瑩、王一中、陳明真、高淑芬、吳宗信、林法正 |
| 常務監事 | 李佳航 |
| 監事 | 何雲英、莊弘鈺 |
